使用马桶刷前需要在马桶内倒入清洁剂，旋转擦除马桶内壁上的污渍和细菌。马桶最好经常清洗，冲水时还需将马桶盖放下，以免细菌滋生对人体健康不利。清洗完马桶后需要将马桶刷清洗干净，以免沾染细菌，影响下次使用。
马桶刷使用时需要在马桶内沿倒入少量的马桶清洁剂，待马桶上的污垢软化后便可以用马桶刷将污垢刷除。使用马桶刷时需要旋转擦除马桶上污渍，仔细清洗马桶内壁，以及马桶的出水口。
马桶冲水时其压强极大，会将细菌冲到马桶周围，因此为了身体健康，马桶需要经常清洗，以防止白色念珠菌以及大肠杆菌的成活和对人体的危害。
马桶刷使用完毕也要使用清洁剂清理干净，否则很容易导致细菌滋生，下次使用时难以将细菌彻底清理干净。马桶刷洗干净后要用消毒剂擦拭一遍，以便更好的杀菌消毒。